主要有四个方面的保障措施和工作机制：一是通过加强组织领导，充分发挥党的领导核心作用，提高党的建设科学化水平，健全市县区党委工作制度，为改革试验提供坚强保证。建立由省发展改革委牵头、省直相关部门与莆田市共同组成的推进莆田市城乡一体化综合配套改革联席会议制度，研究解决改革试验推进中的重大问题。莆田市要成立推进城乡一体化综合配套改革试验区建设工作领导小组，负责组织实施改革试验总体方案，二是全力推进实施，省发改委加强对综合配套改革试验的指导和协调，帮助莆田市加强与国家有关部门的沟通联系，争取列为国家发展和改革委综合改革试点联系点。省直相关部门依照方案，指导莆田市编制完成国土、城乡建设、社会保障等重点专项实施意见。莆田市成立综合配套改革试验专家咨询委员会，对重大改革试验开展事前咨询论证和事后跟踪评估。三是强化管理考核。莆田市要依照本方案制定具体实施方案，把综合配套改革试验各项任务、实施项目分解到各相关部门、各县区（管委会）具体落实。对重点改革事项实行项目管理，完善项目管理程序，提高改革试验的科学性，防范和减少风险。对综合配套改革试验工作实行目标管理，纳入有关部门工作目标考核体系和干部考核评价体系。四是营造和谐环境。健全重大决策、重大项目、重大事项实施前的社会稳定风险评估机制。积极推广和谐征迁工作法，做好征迁群众的安置回迁工作，切实维护社会和谐稳定。注重发挥新闻媒体和网络的作用，及时总结和宣传改革试验中积累的经验、形成的典型，形成加快推进城乡一体化的良好氛围。