设置4个内设机构，规格均为相当正处级，分别是综合处、前期规划处、建设协调处、运营协调处。

综合处。负责综合协调日常工作；承担文电、机要、保密、文秘、信访、信息、档案、财务、资产管理、党群、纪检、干部人事、离退休干部、安全保卫、后勤保障等工作；配合主管部门做好铁路项目投资计划安排及资金拨付等事务性工作。

前期规划处。参与研究、编制我省铁路（含城际铁路）发展规划、专项规划及铁路项目建设后评价等工作；配合主管部门做好铁路项目前期研究、技术方案论证、计划安排、项目审查等相关工作；配合主管部门做好项目前期阶段的跟踪协调和信息反馈的具体工作。

建设协调处。配合主管部门协调铁路和省、市有关部门、参建单位做好在建铁路项目推进中涉及用地用林用海报批、征地拆迁、交竣工、验收及建设过程中的“三电”迁改、“三改”工程等事务性工作；跟踪了解我省在建铁路项目投资完成情况。

运营协调处。收集运营铁路客货运输相关数据，参与铁路运输运行状况分析；配合主管部门做好运行车次、运量、停靠站及铁路沿线绿化美化等沟通协调工作。